ברוב המקרים ההדבקה אינה מלווה בסימנים ולכן רוב הנדבקים כלל לא יודעים שהם נשאים של נגיף ועלולים להדביק אחרים. לפחות 13 מתוך כלל נגיפי הפפילומה המוכרים יכולים לגרום בטווח הארוך לסוגי סרטן שונים. התפתחות גידולים סרטניים זו מתרחשת לרוב מספר שנים לאחר ההדבקה
נגיף הפפילומה האנושי אחראי ל-99 אחוזים ממקרי סרטן צוואר הרחם, כ-90 אחוזים ממקרי סרטן פי הטבעת, כ-70 אחוזים ממקרי סרטן הפה והלוע, כ-70 אחוזים ממקרי סרטן הנרתיק והפות וכ-50 אחוזים ממקרי סרטן הפין.

הנגיף עלול לגרום גם ליבלות באיברי המין, במיתרי הקול, ובלוע .

לפי הערכות של ארגון הבריאות העולמי, נגיף הפפילומה האנושי גרם בשנת 2002 לבדה לכ-250 אלף מקרי תמותה מסרטן צוואר הרחם.