כאמור, לכל אחד מהחיסונים יש אוסף גדול של מחקרים שבודק אותם – משלב הניסויים הקליניים ועד למחקרי מעקב, ובהם מחקרים גדולים שבחנו תופעות שונות בקרב מחוסנים מול לא-מחוסנים. מחקרים אלה בדקו מצבים רפואיים ספציפיים או רשימה של מצבים רפואיים, ומכולם עולה שהחיסונים בטוחים.
בנוסף לכל המחקרים הללו, יש יוזמות ממשלתיות בעולם שמאפשרות דיווח עצמאי על תופעות שמתרחשות בסמוך לחיסונים. אלה הם מנגנוני ניטור שתפקידם הוא לזהות תופעות לוואי חריגות ונדירות ולהציף אותן. היוזמה הידועה ביותר היא מערכת VAERS האמריקאית, בניהול ה-CDC וה-FDA, שמבוססת על דיווח עצמי. מטרת המערכת היא "להרים דגל אדום" למערכות הבריאות במקרה שמצטברות עדויות בלתי תלויות לתופעת לוואי סביב חיסון מסוים, והיא הוכיחה את עצמה בעבר כיעילה למטרות אלו. כך, למשל, חיסון RotaShield נגד רוטה ניתן בארצות הברית בשנת 1998, ולאחר שנאספו לגביו עדויות במערכת VAERS בנוגע לתופעות לוואי – מתן החיסון הופסק ב-1999.
חשוב לזכור שלא כל תופעה שקורית לאחר חיסון קשורה לחיסון. אם יש חזרה על תופעות כאלה אצל אנשים רבים בזמן דומה לאחר קבלת החיסון, זהו בסיס לביצוע מחקר לבדיקת הקשר בין התופעה לחיסון.
לגבי חיסוני השגרה, כאמור, מדובר בחיסונים ותיקים מאוד, שניתנים כבר עשורים רבים מסביב לעולם. הסיכוי שיתגלה עליהם משהו חדש ונדיר שלא הוכר הוא קלוש. לעומת זאת, הסיכון מהמחלות ברור וקיים.